V oddelkih muzeja, imenovanih kustodiati, skrbniki zbirk (kustosi) raziskujejo, zbirajo, dokumentirajo in razstavljajo predmete, pisne in slikovne dokumente. Iz nabora sorodnih predmetov nastajajo zaokrožene zbirke.
- Kustodiati
- Kustodiat za stavbarstvo, notranjo opremo in bivalno kulturo
- Kustodiat za družbeno kulturo
- Kustodiat za duhovno kulturo
- Kustodiat za etnografski film
- Kustodiat za kmečko gospodarstvo in promet
- Kustodiat za ljudsko likovno umetnost in slikovne vire
- Kustodiat za obrt in trgovino
- Kustodiat za slovenske izseljence, zamejce, pripadnike narodnih manjšin in drugih etnij v Sloveniji
- Kustodiat za oblačilno kulturo in tekstil
- Kustodiat za zbirke iz Afrike in Amerike
- Kustodiat za zbirke iz Azije, Oceanije in Avstralije