Kustodiat za duhovno kulturo je bil ustanovljen leta 2001, ko sta po reorganizaciji Kustodiata za socialno kulturo nastala ločena kustodiata za duhovno in družbeno kulturo. Delovno področje kustodiata za duhovno kulturo je raziskovanje in dokumentiranje glasbenega ustvarjanja na Slovenskem (od ljudskih godcev do pojava narodno zabavne glasbe, ansambla bratov Avsenik, ansambla Lojzeta Slaka, godbene tradicije). Prav tako sodi v polje raziskovanja pustna dediščina (od tradicionalnih pustovanj v lokalnem okolju do pustnih karnevalov), vraževerje in verovanje ter z njima povezani predmeti. Od leta 2009 pa nastaja tudi zbirka slovenskih blagovnih znamk (od tistih, ki so že propadle, do še vedno uspešnih, nastalih na območju današnje Slovenije, čeprav nekatere niso več v rokah slovenskih lastnikov).

Temeljne zbirke in podzbirke