Njegov zgodovinski zametek so bile etnografske oziroma narodopisne zbirke Kranjskega deželnega muzeja v Ljubljani, ustanovljenega leta 1821, katerih slovenski del je bil številčno bistveno skromnejši v primerjavi z zunajevropskim. Etnografsko gradivo je bilo javnosti predstavljeno leta 1888, ko je bila zgrajena stavba Kranjskega deželnega muzeja - Rudolfinuma. Pomemben mejnik na poti k samostojnemu etnografskemu muzeju je bila ustanovitev etnografskega inštituta v stavbi Narodnega muzeja leta 1921. Upravnik inštituta in nato ravnatelj osamosvojenega Kraljevega etnografskega muzeja, ki je nastal leta 1923 z ločitvijo od Narodnega muzeja, je bil dr. Niko Županič.

Kraljevi etnografski muzej so leta 1941 preimenovali v Etnografski muzej. Po letu 1945 se je v muzeju razmahnilo znanstveno raziskovanje, ki je vključevalo obsežno terensko delo. Terenske ekipe so v petdesetih in šestdesetih letih 20. stoletja sistematično preučevale, zbirale in dokumentirale gradivo o ljudski kulturi in življenju Slovencev na podeželju pred 2. svetovno vojno in po njej. Leta 1964 se je muzej preimenoval v Slovenski etnografski muzej. Zaradi pomanjkanja prostorov za stalno razstavo so se v muzeju usmerili v pripravljanje občasnih tematskih razstav na lokacijah izven matične hiše. Grad Goričane je ponudil zavetje zunajevropskim zbirkam in postal pomembno razstavišče za gostujoče razstave z zunajevropsko tematiko.

Slovenski etnografski muzej si je v zgodnjih 80. letih začeli prizadevati za pridobitev lastne muzejske hiše. Po letu 1994, ko je Vlada Republike Slovenije Ministrstvu za kulturo za potrebe kulturnega sektorja dodelila južni del stavbnega sestava nekdanje vojašnice na Metelkovi ulici zgrajenega med letoma 1886 in 1889 za potrebe habsburške vojske, je SEM dobil v rabo dve hiši. Prenova obeh zgradb je potekala med letoma 1996 in 2004. SEM se je v prvo obnovljeno muzejsko hišo, namenjeno upravni, informacijski, raziskovalni, avdiovizualni, založniški in konservatorsko-restavratorski dejavnosti preselil iz prostorov Narodnega muzeja Slovenije spomladi 1997. Leta 1998 pa je sosednji objekt, ki je današnja razstavna hiša SEM, dobil novo streho in tri začasno urejene razstavne dvorane, kjer je do začetka obnovitvenih gradbenih det leta 2002 SEM izvajal muzejski program razstav in prireditev. Novo razstavno hišo je odprl decembra 2004.

S preselitvijo muzeja v nekdanje ljubljansko predmestje spomladi leta 1997 in s prenovo dveh historičnih objektov nekdanje Avstro – Ogrske vojašnice se je okolica muzeja spreminjala in postopoma postajala novo urbano kulturno središče in srečevališče, danes prepoznavno kot Muzejska ploščad Metelkova, okrog katere domujejo še štiri nacionalne ustanove (Narodni muzej Slovenije – Metelkova, +MSUM, Kinoteka, Zavod za varstvo kulturne dediščine RS). Muzejska ploščad je del skupnega zunanjega prostora in je namenjena različnim prireditvam in razstavnim projektom.

1821
Ustanovitev Kranjskega deželnega muzeja. Pod njegovim okriljem začnejo nastajati etnografske zbirke.

1923
Ustanovitev Kraljevega etnografskega muzeja.

1926/27
Izide prvi letnik Etnologa, znanstvene periodične publikacije muzeja.

1948-1991
izhaja Slovenski etnograf; leta 1991 izide prvi letnik Etnologa nove vrste: znanstvena periodična publikacija, ki je nadaljevanje starega Etnologa in Slovenskega etnografa, glasnik muzeja in stroke.

1948
Začetek obsežnega raziskovalnega in zbirateljskega dela muzejskih terenskih ekip. Do leta 1961 se jih zvrsti osemnajst. Rezultat je izjemna rast muzejskih zbirk in dokumentacijskega gradiva.

1991
izidejo Votivi, prva publicirana muzejska zbirka (s katalogom in spremno študijo) v novi knjižni zbirki Knjižnica Slovenskega etnografskega muzeja. Muzej začne s publiciranjem zbirk razkrivati bogato dediščino nacionalnega in širšega pomena, ki jo hrani v depojih,  ter poleg tega intenzivno opozarjati na pomanjkanje prostora za svojo razstavno dejavnost.

1994
Vlada Republike Slovenije dodeli Ministrstvu za kulturo južni del stavbnega sestava nekdanje vojašnice na Metelkovi ulici. SEM dobi v rabo dve hiši.

1997
Dokončanje prenove in preselitev v muzejsko upravno hišo.

2002
Ustanovitev donatorskega sklada "Muzejski čebelnjak", s katerim so prijatelji muzeja podprli hitrejše rojstvo muzejske prve stalne razstave.

2004 (december)
Odprtje nove razstavne hiše pod sloganom In Zdaj zares SEM z razstavami Evropski etnografski muzeji v SEM, Je etnologija doma tudi v drugih slovenskih muzejih? in Spogledi: med oblikovanjem in slovensko ljudsko kulturo.

2006 (december)
Odprtje prve stalne razstave Med naravo in kulturo.

2009 (december)
Odprtje druge stalne razstave Jaz, mi in drugi: podobe mojega sveta.

2013
Praznovanje 90. obletnice Slovenskega etnografskega muzeja